BLU 604E - Moleküler Dinamik Simülasyonlarıİçinİleri AnalizYöntemleri

Dersin Amaçları

1)MD simülasyonlarınınbiyomembranuygulamalarının gösterilmesi.
2)İleri MD simülasyon yörünge analiz metotlarının öğretilmesi.
3)MD simülasyonlarının sonuçlarının analiz etmek için geliştirilmiş program veya kodların kullanımlarının öğretilmesi.

Dersin Tanımı

MD simülasyonlarının biyomembran dinamik ve fonksiyon çalışmalarındaki uygulamaları.NAMD programı ile MD simülasyonu gerçekleştirme.VMD: Bir MD simülasyonu analiz programı.Temel özelliklerin zaman serileri analizleri: Hidrojen bağı,ikincil yapı, açı ve uzaklık.Kök ortalama kare sapması (RMSD) ve kök ortalama kare dalgalanma (RMSF) hesapları.Radyal dağılım fonksiyonu (RDF) ve dönme yarı çapı hesapları.MD simülasyon yörüngelerinin ana bileşenler analizleri.Çapraz korelasyon analizi.MD simülasyonlarının esnek ağ analizleri.Biyomembran ve membran proteinlerinin MD simülasyonlarını analiz metotları.Yoğunluk ve difüzyon hesapları.MD yörüngelerinin etkileşim enerji hesapları.Markov hal modelleri kullanarak MD simülasyon analizleri-1.Markov hal modelleri kullanarak MD simülasyon analizleri-2