Hoşgeldiniz, Misafir . Oturum Aç . English
Neredeyim: Ninova / Dersler / Bilişim Enstitüsü / BLU 604E / Dersin Bilgileri
 

Dersin Bilgileri

Dersin Adı
Türkçe Moleküler Dinamik Simülasyonlarıİçinİleri AnalizYöntemleri
İngilizce Adv.Ana.Tec.for Mol.Dyn.Simu.
Dersin Kodu
BLU 604E Kredi Ders
(saat/hafta)
Uygulama
(saat/hafta)
Labratuvar
(saat/hafta)
Dönem -
3 3 - -
Dersin Dili İngilizce
Dersin Koordinatörü Sefer Baday
Dersin Amaçları 1)MD simülasyonlarınınbiyomembranuygulamalarının gösterilmesi.
2)İleri MD simülasyon yörünge analiz metotlarının öğretilmesi.
3)MD simülasyonlarının sonuçlarının analiz etmek için geliştirilmiş program veya kodların kullanımlarının öğretilmesi.
Dersin Tanımı MD simülasyonlarının biyomembran dinamik ve fonksiyon çalışmalarındaki uygulamaları.NAMD programı ile MD simülasyonu gerçekleştirme.VMD: Bir MD simülasyonu analiz programı.Temel özelliklerin zaman serileri analizleri: Hidrojen bağı,ikincil yapı, açı ve uzaklık.Kök ortalama kare sapması (RMSD) ve kök ortalama kare dalgalanma (RMSF) hesapları.Radyal dağılım fonksiyonu (RDF) ve dönme yarı çapı hesapları.MD simülasyon yörüngelerinin ana bileşenler analizleri.Çapraz korelasyon analizi.MD simülasyonlarının esnek ağ analizleri.Biyomembran ve membran proteinlerinin MD simülasyonlarını analiz metotları.Yoğunluk ve difüzyon hesapları.MD yörüngelerinin etkileşim enerji hesapları.Markov hal modelleri kullanarak MD simülasyon analizleri-1.Markov hal modelleri kullanarak MD simülasyon analizleri-2
Dersin Çıktıları
Önkoşullar
Gereken Olanaklar
Diğer
Ders Kitabı
Diğer Referanslar
 
 
Dersler . Yardım . Hakkında
Ninova, İTÜ Bilgi İşlem Daire Başkanlığı ürünüdür. © 2020