Dersin Bilgileri

Dersin Adı	Türkçe	Moleküler Dinamik Simülasyonlarıİçinİleri AnalizYöntemleri
	İngilizce	Adv.Ana.Tec.for Mol.Dyn.Simu.
Dersin Kodu	BLU 604E	Kredi	Ders (saat/hafta)	Uygulama (saat/hafta)	Labratuvar (saat/hafta)
Dönem	-	3	3	-	-
Dersin Dili		İngilizce
Dersin Koordinatörü		Sefer Baday
Dersin Amaçları		1)MD simülasyonlarınınbiyomembranuygulamalarının gösterilmesi. 2)İleri MD simülasyon yörünge analiz metotlarının öğretilmesi. 3)MD simülasyonlarının sonuçlarının analiz etmek için geliştirilmiş program veya kodların kullanımlarının öğretilmesi.
Dersin Tanımı		MD simülasyonlarının biyomembran dinamik ve fonksiyon çalışmalarındaki uygulamaları.NAMD programı ile MD simülasyonu gerçekleştirme.VMD: Bir MD simülasyonu analiz programı.Temel özelliklerin zaman serileri analizleri: Hidrojen bağı,ikincil yapı, açı ve uzaklık.Kök ortalama kare sapması (RMSD) ve kök ortalama kare dalgalanma (RMSF) hesapları.Radyal dağılım fonksiyonu (RDF) ve dönme yarı çapı hesapları.MD simülasyon yörüngelerinin ana bileşenler analizleri.Çapraz korelasyon analizi.MD simülasyonlarının esnek ağ analizleri.Biyomembran ve membran proteinlerinin MD simülasyonlarını analiz metotları.Yoğunluk ve difüzyon hesapları.MD yörüngelerinin etkileşim enerji hesapları.Markov hal modelleri kullanarak MD simülasyon analizleri-1.Markov hal modelleri kullanarak MD simülasyon analizleri-2
Dersin Çıktıları
Önkoşullar
Gereken Olanaklar
Diğer
Ders Kitabı
Diğer Referanslar

Dersler

Yardım

Hakkında